性功能障碍分为二大类，即功能性性功能障碍和器质性性功能障碍。
一，功能性性功能障碍：身体并没有出现生殖系统、神经系统、内分泌系统的器质性病理改变的情况。出现性功能障碍的原因是出现了性相关系统、环节功能紊乱。如：大脑皮质功能紊乱、内分泌功能失调、失平衡等。用简单的比喻就是"电脑"并没有"硬件损坏"，"死机或运行不畅"是"操作系统"或"某些软件"出现了问题。在学科划分上，功能性性功能障碍属于心理学研究范畴，功能性性功能障碍是心理学行为主义学派的一个分支。
二，器质性性功能障碍：性功能障碍是由于生殖系统、神经系统、内分泌系统出现了器质性的病变。即"电脑"的"硬件"出现了损害，要作"硬件"的修复甚至更换了。而要修复人类的"硬件"则比较困难，这也是器质性性功能障碍治疗比较困难的原因。器质性性功能障碍属于临床医学范畴，需要到正规医院的专科进行检查治疗。